Historia szpitala sięga XV wieku kiedy to miasto Krosno posiadało trzy budynki spełniające rolę szpitala i przytułku dla ubogich. Budowę szpitala z prawdziwego zdarzenia rozpoczęto pod koniec XIX wieku a w 1901 roku oddano do użytkowania parterowy budynek na ok. 50 łóżek przy ul. Suchodolskiej w Krośnie.

Pierwszym dyrektorem szpitala został dr wszech nauk lekarskich Karol Kaczkowski.
Podczas I wojny światowej przez szpital przetoczyła się fala epidemii chorób zakaźnych : cholery następnie czerwonki i tyfusu. Przez cały czas personel szpitala ofiarnie pełnił swoją służbę opiekując się chorymi i rannymi podczas zmagań wojennych pacjentami..

Okres 1918 do 1939 szpital, który nie odniósł większych strat podczas wojny, rozwija się i rozbudowuje swoją bazę i doposaża się w sprzęt medyczny.

W 1939 roku 1 września rozpoczyna się II wojna światowa. Krośnieńskie lotnisko zostaje zbombardowane a szpital przyjmuje pierwszych rannych lotników i żołnierzy ze służby granicznej. Po wkroczeniu do Krosna niemcy przekształcają szpital cywilny w szpital wojskowy, wydzielając tylko niewielką jego część dla potrzeb cywilnych.

Po wojnie szpital remontuje uszkodzone podczas zmagań wojennych budynki i sprzęt, zostaje także doposażony w sprzęt medyczny oraz gospodarczy. W latach powojennych bazę szpita stanowił budynek główny, w którym mieściły się oddziały:
Chirurgiczny, położniczy, RTG, elektroterapii, natomiast w 4 barakach przyszpitalnych mieściła się dalsza część oddziału chirurgii.

W 1952 roku utworzono aptekę szpitalną a jej kierownikiem zostaje mgr Witold Konstantynowicz.
W tym samym roku zmieniono nazwę szpitala z im. Bł. Jana z Dukli na Powiatowy Szpital im. Ignacego Łukasiewicza.

W 1972 roku zostaje utworzony ZOZ, w skład którego weszły dotychczasowe jednostki samodzielne: Szpital Powiatowy, Powiatowa Przychodnia Obwodowa i Powiatowa Stacja pogotowia Ratunkowego, dyrektorem ZOZ został lek.med. Jan Czajkowski.

W 1975 powstaje województwo krośnieńskie, zaistniała więc potrzeba budowy nowego szpitala, który sprostałby potrzebom pacjentów z całego nowego województwa.

I tak w 1975 Departament Inwestycji MZiOS wydaje decyzję o budowie nowego obiektu szpitalnego. Generalnym wykonawcą robót zostaje firma "Budopol" z Krakowa z oddziałem

w Brzozowie, jednak z powodu braku możliwości realizacyjnych część zadań przejmuje Krośnieńskie Przedsiębiorstwo Budowlane, Kierownikiem Budowy zostaje Adam Szuba.

W ciągu budowy inwestycja napotykała na wiele problemów, ulegał też zmianie projekt budowy.
W 1995 roku zostają oddane do użytkowania Pawilony A,B,C,D,E i G.
W tym samym roku szpital zostaje przekształcony w Szpital Wojewódzki.
Od 1997 roku szpital nosi nazwę Wojewódzkiego Szpitala im. Jana Pawła II, uroczystego poświęcenia szpitala dokonali podczas pobytu w Krośnie Papież Jan Paweł II , oraz Ks.Arcybiskup Józef Michalik, Metropolita Przemyski.